Sinopsis de Malicious Code Nº 3. Una mañana como siempre, Hiiro, el protagonista, mientras viajaba en el autobús escolar, repentinamente es atacado por una joven con los ojos rojos. Al despertar, Hiiro y otros tres compañeros se encuentran en Tokyo, la eterna capital abandonada que debería estar clausurada tras la pandemia del virus Aurora, años atrás. En Tokyo se han juntado jóvenes con habilidades especiales, y se ha establecido una nueva ley Hiiro y sus amigos buscan determinar el porqué de todo esto y del código malicioso que está en sus cuerpos, antes de que lo destruya todo.