Sinopsis de Black Bullet 03. En un futuro cercano, la humanidad ha sido derrotada por los Gastrea. Los humanos se atrincheran en un territorio muy reducido tras una serie de monolitos de varanio “el único metal capaz de contener a los Gastrea”. En este mundo, los niños que nacieron con el virus Gastrea y que consiguieron habilidades superhumanas provocadas por el mismo, son descubiertos y llamados «Niños Malditos», aunque el virus sólo afecta a las chicas. Éstas, sin embargo, son formadas para liderar los equipos de lucha contra los Gastrea. Rentaro Satomi, se encarga de llevar a cabo un mano a mano con la Initiator Enju Aihara, bajo la protección y la dirección de Kisara Tendo.