Sinopsis de Steins; Gate Nº 2. En Akihabara, un grupo de amigos lograron construir un sistema que les permita enviar mensajes de texto al pasado. En lo que realizan diferentes experimentos al respecto, una organización llamada SERN, que realizó por su cuenta investigaciones sobre la manipulación del tiempo, persigue a estos amigos, quienes ahora deben hallar la forma de escapar y sobrevivir. Al igual que en el videojuego original en el que se basa este manga, entran en juego conceptos como causa y efecto, viajes en el tiempo, alteración de la realidad, etc.